Sau đó, thi hài của Giáo hoàng Gioan Phaolô II được đặt trên một kiệu nhà táng, đầu kê trên ba chiếc gối màu vàng, gần một cây Thánh Giá bằng gỗ và một cây nến phục sinh - biểu tượng Chúa Giêsu Kitô là ánh sáng của thế gian. Thi hài được di chuyển đến Thính phòng Clementine, nằm ở lầu hai của Điện Tông Tòa. Thời gian này là dành cho các đoàn chính quyền nước Ý đến viếng.

Ngày 4 tháng 4, thi hài Giáo hoàng Gioan Phaolô II được chuyển qua một kiệu bằng vải nhung màu đỏ, đầu ông kê trên ba chiếc gối màu đỏ viền vàng. Đội di quan mặc áo vest đen và đeo găng tay trắng, đứng hai bên. Hồng y Martínez Somalo chủ trì nghi thức. Ông làm phép thi hài Giáo hoàng bằng cách rảy nước thánh vào ba lần: bên phải, trên đầu và bên trái. Một thầy giúp lễ đưa cho vị hồng y bình trầm hương và ông xông lên ba lần hương.

Một đoàn rước dài bắt đầu di chuyển thi hài Giáo hoàng Gioan Phaolô II từ Thính phòng Clementine đi ngang qua dãy hành lang cột trụ của Điện Tông Tòa để tiến vào Quảng trường Thánh Phêrô, nơi mà nhiều người đang chờ đợi. Theo truyền thống, thi hài của Giáo hoàng phải được đưa đến một trong hai nơi là Vương cung thánh đường Thánh Phêrô hoặc Vương cung thánh đường Thánh Gioan Latêranô. Đoàn rước bao gồm các tu sĩ, linh mục, giám mục và cuối cùng là Hồng y Đoàn. Khi nghi lễ bắt đầu tiến hành, ca đoàn các tu sĩ bắt đầu hát xướng bình ca Gregoriano, và những người khác đáp lại mỗi câu bằng cụm từ "Xin Chúa thương xót chúng con" trong Kinh Thương Xót (Kyrie, eleison). Kinh Cầu Các Thánh cũng được hát lên. Sau tên mỗi vị thánh được xướng lên thì cộng đoàn đáp lại "Cầu cho chúng con".

Khi thi hài của Giáo hoàng được di chuyển lên các bậc thềm Vương cung thánh đường Thánh Phêrô, những người di quan nhẹ nâng phần đầu của Gioan Phaolô II đối diện với hàng chục ngàn người đang tràn ngập nơi quảng trường Thánh Phêrô. Hồng y Martínez Somalo lưu ý rằng đây là cái nhìn cuối cùng của Giáo hoàng Gioan Phaolô II trước toàn dân ở quảng trường[10]. Đoàn rước tiến vào bên trong và thi hài Giáo hoàng được đặt trước bàn thờ của Vương cung thánh đường Thánh Phêrô. Cây nến phục sinh được thắp sáng, một phó tế đọc lời nguyện và Phúc Âm. Sau khi Hồng y Đoàn đã đến viếng thì họ rời khỏi nơi đó và vương cung thánh đường đóng cửa.